據中共中央港澳工作辦公室、國務院港澳事務辦公室官網消息，該辦主要職責和最新的組織機構架構已經公布。

根據中央港澳辦官網“主要職責”欄目顯示，該辦共有十一項職責，分別是：

（一）貫徹執(zhí)行“一國兩制”、“港人治港”、“澳人治澳”、高度自治方針，堅持依法治港治澳，執(zhí)行憲法和香港特別行政區(qū)基本法、 澳門特別行政區(qū)基本法，落實“愛國者治港”、“愛國者治澳”原則，維護國家主權、安全、發(fā)展利益，促進港澳長期繁榮穩(wěn)定。

（二）加強港澳工作的統(tǒng)籌協(xié)調、督促落實，組織開展對重大問題的調查研究，提出政策建議。

（三）組織研究起草涉港澳有關法律法規(guī)草案并提出立法建議，就基本法等涉港澳重要法律實施涉及的相關法律問題研究提出意見。

（四）支持特別行政區(qū)行政長官和特別行政區(qū)政府依法施政，推動建立完善特別行政區(qū)同憲法、基本法實施相關的制度和機制。

（五）研究提出健全特別行政區(qū)行政長官對中央政府負責的制度、完善中央對特別行政區(qū)行政長官和主要官員的任免制度和機制的措施建議。

（六）協(xié)調有關部門研究擬訂支持港澳發(fā)展經濟、保障民生福祉等方面的政策建議并推動落實。

（七）組織落實特別行政區(qū)維護國家安全的法律制度和執(zhí)行機制工作。

（八）協(xié)調涉港澳宣傳工作，依法管理港澳新聞機構駐內地編輯站和編輯。

（九）協(xié)助特別行政區(qū)加強憲法和基本法以及國家安全法教育、國情教育、中國歷史和中華文化教育，增強港澳社會的國家意識和愛國精神。

（十）負責內地與特別行政區(qū)政府和特別行政區(qū)行政長官的官方交往和工作聯系，協(xié)調推動有關部門和地方加強與港澳交流合作，指導和管理內地與港澳因公往來有關事務。對中央駐港澳機構提出的有關事宜提供意見、建議和工作協(xié)助。

（十一）完成黨中央交辦的其他任務。

中央港澳辦官網“組織機構”欄目顯示，該辦共有內設機構十個：

內設機構：

秘書局：負責機關文電、會議、機要、檔案、信息化、安全保密、信訪、財務等機關行政事務和日常運轉工作。

一局：承擔落實中央港澳政策有關工作。

二局：承擔政治領域內地與特別行政區(qū)官方交往、因公往來、交流合作工作。

三局：承擔經濟領域內地與特別行政區(qū)官方交往、因公往來、交流合作工作。

四局：承擔文化、教育、青年等領域內地與特別行政區(qū)官方交往、因公往來、交流合作工作。

五局：承擔醫(yī)療衛(wèi)生、民族、宗教、勞工、社會服務等領域內地與特別行政區(qū)官方交往、因公往來、交流合作工作。

六局：承擔協(xié)調特別行政區(qū)開展維護國家安全有關工作。

七局：承擔協(xié)調涉港澳宣傳工作，承擔港澳新聞機構駐內地編輯站和編輯管理工作，承辦新聞發(fā)布工作。

八局：承擔涉港澳有關法律法規(guī)草案起草和司法領域內地與特別行政區(qū)官方交往、因公往來、交流合作工作。

機關黨委（干部局）：

負責機關及直屬單位黨的建設和紀檢、干部人事、外事工作，領導機關群團組織的工作，承擔內地人員因公赴港澳政策擬訂、人員審核和港澳通行證簽發(fā)管理工作。????

直屬單位：

港澳研究所、機關服務中心